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AMBER (分子力学力场模拟程序)

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autodock (分子对接软件)(免费)

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Chembench (化学信息学在线研发平台)(免费)

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GROMACS (分子动力学软件)(免费)

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GULP (General Utility Lattice Program)(免费)

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NIH分子模拟中心的化学软件资源导航(Research Tools on the Web)

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VCCLAB (Virtual Computational Chemistry Laboratory)

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X-PLOR (大分子X光晶体衍射、核磁共振NMR的3D结构解析)(免费)

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高通量筛选软件PowerMV (统计分析、分子显示、相似性搜索等)(免费)

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化合物活性预测程序PASS(部分免费)

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计算材料科学Mathub

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美国斯坦福大学:Folding@Home (蛋白质折叠的分布计算项目)(免费)

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美国斯克利普斯研究院:金属蛋白质结构和设计项目(免费)

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量子化学软件中文网

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C4:Cabrillo学院化学可视化项目以及相关软件(免费)

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ChemTK Lite (QSAR软件)(免费)

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CrystalMaker Software (晶体结构可视化软件)

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Databases and Tools for 3-D Protein Structure Comparison and Alignment (三维蛋白质结构对比)(免费)

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Democritus (分子动力学原理演示软件)

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DPD应用软件cerius2(免费)

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EMSL Computational Results DataBase (CRDB)

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MARVIN'S PROGRAM (表面与界面模拟)(免费)

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MDynaMix (分子动力学计算软件)(免费)

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MODEL - Molecular Descriptor Lab (分子描述符自动生成)

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XLOGP(计算有机小分子的脂水分配系数)(免费)

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3D Molecular Designs (蛋白质及其他3D分子物理模型快速成型技术)

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3D-Dock Suite Incorporating FTDock, RPScore and MultiDock (3D分子对接)(免费)

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免费远程计算:贵州大学GHPCC量子化学从头计算系统(免费)

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美国马里兰大学:生物技术研究所Gilson研究小组

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美国能源部Ames实验室:经典分子动力学软件AL_CMD(免费)

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美国华盛顿州立大学化学系:无机化学教学资源

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美国加州大学圣地亚哥分校所开发的化学软件 (化学反应计算、分子建模和可视化)

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美国康奈尔大学理论中心计算生物服务单元提供的免费软件 (计算生物与化学方面)(免费)

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AMSOL (半经验量子化学计算)(免费)

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Amsterdam Density Functional (ADF, 第一原理电子结构计算)

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量子化学网

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BioByte (ClogP is now Bio-Loom)

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Bioclipse (化学信息学与生物信息学开源工具集成平台)

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BOSS (蒙特卡罗模拟软件)

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Car-Parrinello分子动力学(CPMD, ab-initio分子动力学计算软件)(免费)

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CHARMM (大分子分子力学模拟计算软件)(部分免费)

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Chem2Pac package (A computational Chemistry Integrator)(免费)

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ChemMine (药物发现数据库、分析工具)(免费)

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Chemweb计算化学在线工具:GAMESS(免费)

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Clebsch-O-Matic (在线计算器)(免费)

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COLUMBUS (量化从头计算分子电子结构程序集)(免费)

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DL_POLY (分子动力学模拟软件)(免费)

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DockVision (分子对接程序)(部分免费)

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DPMTA (分子动力学并行模拟软件)(免费)

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Dr. Pablo Wessig 研究小组开发的计算化学软件(免费)

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DRAGON (可计算1600种分子描述符)

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EMSL Gaussian Basis Set Order Form(免费)

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GAMESS: The General Atomic and Molecular Electronic Structure System(免费)

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HyperChem (分子模拟)

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天津大学:张春霆教授的生物信息学组

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MOLMOL (生物大分子3D结构分析和显示、NMR结构解析)(免费)

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Mopac 2002 (通用半经验量子力学程序)

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牛津大学:抗癌药物分布式计算项目 Screensaver Lifesaver

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