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当今我们正处于一个大科学、高科技的时代，每一门学科都难以孤立地向前发展，化学除了包括多种分支学科外，与其他学科也在不断地交叉、渗透，化学门户必须反映这一特点。化学门户将要索引的其他学科包括数学、物理、生物、材料、环境等，以及其他与化学密切相关的学科领域如晶体学、微电子学等。化学门户索引这些学科领域资源的基本策略是“突出重点、兼顾覆盖面”，例如对于生物资源，化学家最感兴趣的内容之一是与药物设计相关的生物资源，因此化学门户首先应索引生物与药物虚拟社区站点BioMedNet(ChemWeb.com的姊妹站点)，该站点的导航系统包括3500余条经过精选的Internet资源，可以说这样一条链接就可以基本保证该分支领域重要资源的覆盖面；当然为了化学家访问方便，化学门户要收集那些需要经常使用的工具资源如可完全免费检索医学文献库PubMed、蛋白质数据库PDB以及其他完全免费生物信息学数据库、软件工具等。
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