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中国科学院上海生命科学研究院生物信息中心

【URL】 http://www.biosino.org/

【简介】
     中国科学院上海生命科学研究院生物信息中心成立于2000年3月。中心除了为生命科学研究院的科研人员提供了GCG等生物信息学服务,还承担了863计划——生物技术领域资助的《建立我国核酸序列公共数据库》课题。

站点资源:

CDNAP: 核酸公共数据库。主要收集中国科研人员递交的核酸序列,可以从这个数据库中搜索序列,BLAST序列比较,并可与GenBank、EMBL、DDBJ数据间进行格式转换。

DownLoad: 提供国际上各类生物数据库的本地下载服务。

SRS: 生物类数据库序列检索系统。可以从各种序列数据库中查找符合条件的序列,已经已经安装的数据库包括GenBank、EMBL、SWISSPROT、PIR、NRL3D、IMGT。其中EMBL核酸序列数据库已经实现每日更新。

BLAST: 核酸蛋白序列相似性比较程序。目前可以比较的数据库有人类基因组核酸序列和蛋白序列、EMBL66版序列以及66版后到当日之间的新序列、EST、载体等数据库。

ENSEMBL:人类基因组定位显示系统。图形显示定位在染色体上的contig、mRNA、UniGene、SNP、Repeats等其它与人类相关数据库数据,并显示该系统应用Genescan等软件所定位的基因。

EMBOSS:基于web方式的综合性序列分析软件包,有100来个程序,分析范围包括序列比对、蛋白和核酸膜体分析、核酸序列分析等等。类似于GCG,但该软件包是免费的,对所有ip地址开放。

GENSCAN: 软件是由Chris Burge(research group of Samuel Karlin, Department of Mathematics, Stanford University)开发的。主要用于预测多种生物体基因组序列上的完整基因的结构,包括内含子、外显子及其位置。 biosino为此软件开发了WEB界面,以方便使用。

GENESPLICE:是一个识别多种真核细胞基因组DNA上剪切位点的软件,该软件使用Plasmodium falciparum (malaria), Arabidopsis thaliana and human 的基因组序列数据进行训练并成功地通过测试。

BioEclone:BioEclone,用于EST序列匹配和拼接,并对拼接结果作检查和分析,包括kozak,起始密码子,终止密码子,及染色体定位信息。它主要由blast和clustw两大模块构成。所用的库是EMBL下的EST库,并按物种分类。

TMPP:TMPP 是生科院生物信息中心自主开发的基于HMM的跨膜蛋白预测分析软件.您可以输入蛋白质序列通过TMPP得到有关跨膜的信息.

PSIpred:Jnet是英国Barton实验室开发的基于神经网络算法的蛋白质二级结构预测软件,有效率可达73%。PSIpred是英国David.T.Jones实验室开发的基于神经网络算法的蛋白质二级结构预测软件。它可以在分析PSI-BLAST计算结果基础上进行结构预测,有效率可达78%。

GlimmerM:是一个经训练后用于预测Plasmodium falciparum, Arabidopsis thaliana, Aspergillus和rice四个物种基因的软件。输入请直接用大片段的DNA序列。

GCG:基于web方式的商业综合性序列分析软件包。可以进行序列比较、序列检索、进化树分析、作图、引物设计、蛋白分析、翻译、核酸二级结构分析、膜体分析等。该软件包只限于上海生命科学研究院内部使用。

Medline:医学文献检索服务系统。可以检索MEDLINE 和 Pre-MEDLINE 的文献。目前仅限于生命科学研究院内部使用。

【相关链接】
  PubMed: MEDLINE和PREMEDLINE


Summary by 李晓霞 on 2001-09-19

Last updated by 李晓霞 on 2001-09-19

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